Laporan Praktikum Teknologi Asam Nukleat

Laporan Praktikum Tteknologi Asam Nukleat

Pendahuluan
DNA merupakan tempat penyimpanan informasi genetik. DNA merupakan molekul yang sangat panjang, terdiri dari ribuan deoksiribonukleotida yang bergabung dalam suatu urutan yang bersifat khas bagi tiap organis. DNA bertanggung jawab atas pewarisan informasi genetik dari suatu generasi ke generasi berikutnya. DNA juga merupakan bahan organik yang memiliki BM (berat molekul) paling besar dalam sel, yaitu dalam ukuran juta. Monomer DNA adalah nukleotida. Satu gen diatur oleh satu molekul DNA, dan satu molekul DNA diatur oleh ribuan sampai puluhan ribu nukleotida (Lehninger 1982).
DNA berfungsi sebagai pengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA hanya terdapat pada inti sel, mitokondria, dan kloroplas. DNA juga merupakan serangkaian molekul tersusun dari basa purin (adenin dan guanin) dan pirimidin (timin dan sitosin) serta gula dan fosfat sebagai bahan dasar penyusun gen (Klug dan Cummings 1994).
Isolasi DNA kromosom banyak digunakan dalam penelitian mengenai konstruksi DNA genomik sebagai sumber klon dan sebagai bahan untuk amplifikasi DNA serta analisis restriksi berbagai spesies tanaman. Prinsip isolasi DNA kromosom itu sendiri didasarkan pada pemisahan DNA kromosom dari pengotor lain berupa protein atau RNA menggunakan teknik sentrifugasi. Secara umum isolasi DNA kromosom terbagi atas tiga tahapan proses yaitu pemecahan sel atau pelisisan sel, menghilangan komponen lain selain DNA kromosom, dan pemekatan larutan DNA yang diperoleh (David et al. 1983).
Isolasi DNA kromosom merupakan tahap yang paling penting yang harus dilakukan. Hal ini dikarenakan DNA kromosom merupakan sumber DNA yang umumnya kita kehendaki untuk diklon yang harus bersih dari pengotor-pengotor seperti protein dan RNA. Prinsip dari proses isolasi DNA kromosom adalah memisahkan DNA kromosom dari komponen-komponen sel lain.
Sumber DNA dapat berasal dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease (yang berfungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu 60°C untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase). Larutan DNA kemudian dipresipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air (Brush 1994).

Tujuan
Percobaan ini bertujuan agar mahasiswa dapat menunjukkan sifat dan struktur DNA kromosom melalui proses isolasi terhadap DNA kromosom.
Alat dan Bahan
Alat yang digunakan dalam praktikum isolasi dan pemurnian DNA kromosom, yaitu: neraca analitik, gelas, sentrifus, tabung Eppendorf, dan vortex. Bahan yang digunakan dalam praktikum, yaitu: umbi bawang merah, larutan lisis yang berisi Tris-HCl 50 mM pH 8.0 yang mengandung 50 mM EDTA, SDS 10%, buffer elusi/buffer TE yang berisi Tris-HCl 10 mM pH 8.0 yang mengandung 0,1 mM EDTA pH 8,0, EtOH, NaCl, dan dH2O steril.

Prosedur Percobaan
Pembuatan larutan. Larutan lisis terdiri dari 50 mM Tris HCl, pH 8,0 yang mengandung 50 mM EDTA. Sedangkan larutan elusi atau buffer TE dibuat dari 10 mM Tris-HCl pH 8,0 yang mengandung 0.1 mM EDTA pH 8.0. Setelah itu, larutan disimpan di pendingin.
Prosedur isolasi DNA kromosom. Sebanyak 25 gram umbi bawang digerus dengan menggunakan mortar, ditambahkan 40 mL larutan lisis dan 2,5 gram garam dapur digerus sampai halus. Setelah itu, dituang ke dalam gelas piala 250 mL dan ditambahkan 5 mL larutan SDS 10%. Larutan dicampur secara homogen dan diinkubasi pada suhu 60°C dalam water bath selama 20 menit. Hasil inkubasi lalu disaring ke dalam gelas beaker yang ditempatkan diatas es sehingga larutan tersebut segera menjadi dingin. Setelah larutan menjadi dingin kemudian ditambahkan 0,5 gram protease, aduk secara sempurna dan biarkan selama 15 menit. Kemudian larutan dibiarkan 5 menit lalu diambil larutan atas dengan menggunakan pipet tetes dan dipindahkan ke dalam 4 tabung baru. EtOH dingin sebanyak 10 mL ditambahkan melalui sisi tabung. Kemudian, tabung ditempatkan secara perlahan di atas es dan dibiarkan selama 2-5 menit. DNA kromosom akan mengendap pada bagian atas dari EtOH dan tampak sebagai benang-benang putih. DNA kromosom diambil dengan pipet tetes secara hati-hati dengan sesedikit mungkin larutan EtOH yang terambil dan ditempatkan pada 2 tabung eppendorf 1.5 mL. Keempat tabung disentrifugasi selama 1 menit. EtOH dibuang pada lapisan atas secara hati-hati tanpa merusak pellet dan ditambahkan 1 mL EtOH ke pellet DNA kromosom. Resuspen pelet DNA kromosom dengan cara vortex dalam 1 mL EtOH dan disentrifugasi kembali selama 1 menit. EtOH dituang dan DNA kromosom dikeringkan dalam bech selama 10 menit. Setelah kering, buffer TE atau dH2O steril 1 mL untuk melarutkan DNA kromosom



Komentar

Postingan populer dari blog ini

Contoh Laporan Praktikum

Laporan Praktikum Analisis Vegetasi

Laporan Praktikum Analisis Kualitatif Kation